Unterhöhlt
Höhlen sind dort häufig, wo wasserlösliche Gesteine einen größeren Anteil an der Schichtenfolge haben. Solche Karstgebiete sind in Deutschland meist in den Mittelgebirgen und den Alpen anzutreffen und nehmen etwa 12 % der Gesamtfläche ein. Insgesamt konnten bislang etwa 11.000 Höhlen katastermäßig erfaßt werden. Folgende wichtige Karstgebiete werden in Deutschland nach ihrer erdgeschichtlichen Stellung unterschieden:

• Kleinflächige devonisch-karbonische Kalksteinvorkommen des Rheinischen Schiefergebirges (Sauerland, Eifel, Westerwald) und des Harzes;
• Zechsteinumrandung der Mittelgebirge wie am Harzsüdrand oder im Thüringer Becken;
• Muschelkalkgebiete, hauptsächlich im schwäbisch-fränkischen Gäuland;
• Juragebiete der Schwäbischen und Fränkischen Alb;
• Kreide- und Juragebiete am Nordrand der Mittelgebirge (z.B. Münsterländer Kreidebecken);
• Trias- und Kreidegebiete der Bayerischen Alpen.

Daneben gibt es weitere isolierte Karst- und Höhlengebiete.

Karstgebiete in Deutschland
Die kleinflächigen Kalksteinvorkommen im Rheinischen Schiefergebirge bildeten sich im Devon und Karbon vor ca. 400 - 320 Mio Jahren. Bedeutendste Karstgesteine sind der mitteldevonische Massenkalk als Riff- oder Lagunenablagerung eines ehemals flachen Meeres sowie Riffkalklinsen im Westsauerland und Bergischen Land. Vor allem im Sauerland (Ennepetal, Hagen, Iserlohn, Hemer, Balve, Warstein, Brilon, Attendorn) und im Westerwald existieren große Höhlensysteme. Im Sauerland und Bergischen Land sind 35 Großhöhlen (Länge > 500 m) bekannt. Erwähnenswert ist der Tropfsteinreichtum der sauerländischen Höhlen. Nicht zuletzt deshalb sind alle größeren Höhlen von örtlichen Höhlenvereinen verschlossen. Gleiches gilt auch für den Westerwald und Harz.
Im Westerwald sind die Massenkalk-Höhlen bei Erdbach-Breitscheid von Bedeutung. Das Höhlenkatastergebiet Hessen umfaßt derzeit ca. 450 Höhlen; im Elbsandsteingebirge (Sachsen) befinden sich immerhin 420 Höhlen. Auch in der Eifel sind zahlreiche Höhlen bekannt.
Im Harz sind gleichermaßen devonische Riffkalke im Iberger und Elbingeröder Kalkkomplex aufgeschlossen. Der Südrand des Harzes wird von Kalk-, Dolomit- und Gipsgesteinen aufgebaut, die im Perm (Zechsteinmeer) vor etwa 250 Millionen Jahren abgelagert wurden. Diese durch Gips geprägte Karstlandschaft zählt zu den herausragendsten Naturlandschaften Europas mit einer schutzwürdigen Fauna und Flora. Durch den Gipsabbau sind die noch weitgehend intakten Naturgebiete akut bedroht! Neben beeindruckenden Oberflächen-Karsterscheinungen kommen zahlreiche große Höhlen vor, von denen ein Teil als Schauhöhle ausgebaut ist. Bei Walkenried befindet sich in der Himmelreichhöhle einer der größten Höhlenräume Deutschlands (170 x 80 x 15 m).
In Thüringen sind zahlreiche Höhlen und Karsterscheinungen in Zechsteinkalken und im Muschelkalk der Trias (240 Mio Jahre) bekannt.

Ausgedehnte Karstgebiete haben sich in Süddeutschland in den Muschelkalkgebieten der Schwäbisch-Fränkischen Gäuzone entwickelt, die sich vom südlichen Schwarzwald nach Norden in Richtung des Thüringer Waldes erstreckt. Die Höhlen sind zum größten Teil bachdurchflossene Systeme. Ebenfalls im Muschelkalk sind die großen Höhlen im Markgräfler Land angelegt. In Franken gibt es vereinzelte Gipskarstgebiete im Keuper (Trias, 220 Mio Jahre).
Die "klassischen" deutschen Höhlengebiete sind die Schwäbische und die Fränkische Alb, die durch das Nördlinger Ries getrennt werden. Die großflächig ausstreichenden Malmkalke aus der Jurazeit (160 - 140 Mio Jahre), die in Franken zum Teil dolomitisiert sind, haben die eindrucksvollste Karstlandschaft Deutschlands geprägt.
Die vom Südschwarzwald bis zum Ries etwa Südwest-Nordost verlaufende Schwäbische Alb beherbergt eine schier unermeßliche Fülle an Karstphänomenen. So verwundert es nicht, daß hier die meisten Schauhöhlen vorhanden und die meisten Höhlenvereine beheimatet sind. Hier hat die Höhlenforschung eine lange Tradition und entsprechend eng ist der Bezug der Bevölkerung zu den Höhlen. Vor allem der gravierende Wassermangel auf der Albhochfläche und das Vorhandensein großer, oft Hochwasser führender Quellen in den Randtälern offenbart den besonderen Charakter dieser Landschaft. Mehrere wasserführende Höhlen sind bekannt und können zum Großteil nur von erfahrenen Höhlentauchern erkundet werden. Auf der Albhochfläche sind zahlreiche Schachthöhlen und zum Teil als Schauhöhlen ausgebaute Tropfsteinhöhlen erwähnenswert. Berühmt sind auch die Kulturhöhlen, in denen zahlreiche Spuren des frühen Menschen entdeckt wurden.
Die Fränkische Alb bildet zunächst die östliche Fortsetzung der Schwäbischen Alb jenseits des Nördlinger Ries, weicht dann jedoch aufgrund der geologischen Lagerungsverhältnisse nach Norden ab. Die weitläufige Kuppenlandschaft wird durch malerische Einschnitte wie dem Wiesent-, Pegnitz- oder Altmühltal zergliedert. Dabei entstanden auch bizarre Felstürme und -wände, die zu Namen wie Fränkische oder Hersbrucker Schweiz Anlaß gaben. Die Anzahl der Höhlen in der Fränkischen Alb ist ähnlich hoch wie in ihrem Schwäbischen Gegenstück.
Im Weserbergland gibt es einige größere Höhlen in den Kalksteinen des Korallenoolith (Malm).